(1)本案的被告适格。因为北京科技大学是法律、法规授权行使颁发毕业证私学位证的组织。

    （2)这三份材料不属于《中华人民共和国行政诉讼法》第53条规定人民法院审理行政案件时可以参照的规章范畴。

    (3)被告提供的证据之有⑥瑕疵，不能作为认定本案事实的根据。因为这些证明由于不符合《行政诉讼法》第33条关于在诉讼过程中，被告不得自行向原告和证人收集证据的规定。

    [解析]

    略。

    [相关法律、法规和司法解释]

    《行政诉讼法》第11条、第33条、第41条、第53条、第54条，《高等教育法》第21条、第22条。