答案：

    (1)本案系当事人甲公司与乙厂利用商业票据骗取资金的案件。依《票据法》第103条第4项，签发无可靠资金来源的汇票、本票骗取资金的票据欺诈行为，依法追究刑事责任的规定，本案为刑事案件，应由公安机关立案侦查。

    (2)甲公司、乙厂之间签发、与取得商业汇票时不存在真实的交易关系和债权债务关系，且乙厂取得汇票末给付对价，这违反了《票据法》第10条关于票据的签发、取得和转让应遵循诚实信用原则，具有真实的交易关系和债权债务关系的规定；以及第21条第2款关于不得签发无对价

    的汇票用以骗取银行或者其他票据当事人的资金的规定。

    市投资公司付款行为违法，因为甲公司与其无委托付款关系，并且甲公司变无支付商业汇票金额的可靠资金保证。这违反了《票据法》第21条第1款的规定。