有管辖权的法院是：郑州市某水产门市部所在地的基层人民法院，烟台市某汽车运输公司所在地的基层人民法院。本案是公路运输合同纠纷。根据民事诉讼法第28条的规定，因公路运输合同纠纷提起的诉讼，可由运输始发地、目的地或者被告住所地人民法院管辖。